疱疹病毒不是所有的人都一经感染便立即发病，而是在体内隐匿，潜伏于神经节内。当机体调节机能紊乱，患其他感染、月经或使用免疫抑制剂造成机体免疫功能低下时，病毒便被激活，感染皮肤或黏膜，出现一系列临床症状。

生殖器疱疹一般分为原发性与继发性两种：
 
1、原发性生殖器疱疹 潜伏期2~7天。患部先有烧灼感，原发损害是一个或多个小而瘙痒的红小丘疹，迅速变成小疱。3~5天后，小疱变成糜烂或溃疡、结痂，有疼痛。发病时及发病前夕可有全身症状，包括发热、全身不适、颈项强直、头痛，在骶椎2~4节段出现感觉异常。皮肤损害可单发也可融合。男性位于龟头、冠状沟、阴囊、尿道口或阴茎体；女性位于会阴部、肛门周围、大腿或臀部，约有90%同时侵犯子宫颈。有的原发疱疹仅仅累及子宫颈，故而易被忽略。感染的疱疹病毒时，宫颈外观可以正常或潮红，或伴有多个散在的溃疡。而该病毒对阴道的损害不多见。肛门的直接损害可无自觉症状或伴有痒感、排脓以及里急后重感。一般所有原发生殖器疱疹均可伴有淋巴结肿大、压痛、经1~2个月才缓慢消退。
 
2、复发性生殖器疱疹 第一次疱疹病毒感染后1年内有将近60%的患者复发。第一年可复发4~6次，以后次数减少。发热、月经来潮、性交、情绪激动、消化不良或气侯变化均可成为复发的诱因。复发一般都在原处，但水疱数目、持续时间和自觉症状均比原发者轻，淋巴结不肿大。生殖器感染II型疱疹病毒者，复发更多。有资料介绍，I型疱疹病毒感染只有14%复发，而II型疱疹病毒感染复发率则高达60%。原发或复发生生殖器疱疹可伴有排尿困难、急性尿潴留、疱疹性瘭疽、脑炎、子宫内膜炎。
 
　　生殖器疱疹，由于病情反复发作，又无特效药物控制，加之难以忍受连药物亦无法制止的烧灼样局部疼痛，常常使患者产生沉重的心理负担。他们害怕疼痛、害怕传染给与其有性关系的人、害怕癌变。肉体的痛苦加上精神的负担，往往使患者自尊心受挫，使之不愿与异性交往，从而导致性功能障碍，影响夫妻感情及家庭的和睦，久而久之甚至发生抑郁症。
 
3、男性同性恋者的II型疱疹病毒感染，是仅次于淋球菌的引起男性肛门直肠炎的病因，有资料介绍，他们对52例的肛门直肠炎症状而淋球菌检查阴性的男性同性恋者所做的血清学检查发现，其中15例（29%）的患者II型疱疹病毒检查阳性。临床表现为严重和发热等症状。部分患者有肛周水疱或溃疡。直肠分泌物涂片检查可见较多的多形核白细胞，乙状结肠镜检常见下段直肠黏膜充血和易出血，有时可见小溃疡。
 
4、其他
（1）经大量的临床观察发现，孕妇感染II型疱疹病毒，对胎儿影响甚严重，危害极大。
（2）许多研究证明，II型疱疹病毒与宫颈癌及男性阴茎癌的发生密切相关。
（3）由于近年来性生活方式的变化，尤其是口交，口淫及舔淫的出现，除生殖器部位外，其他部位也有生殖器疱疹发生，如颜面、臀部及四肢。